Bakteria penjajahan utama individu yang sihat adalah daripada genus Lactobacillus (90–95%), yang paling biasa ialah L. crispatus, L. iners, L. jensenii, dan L. gasseri.[5] Sejak penerangan pertama lactobacilli oleh Döderlein, lactobacilli secara amnya dianggap sebagai penjaga pintu ekosistem faraj. Lactobacilli telah terbukti menghalang pertumbuhan in vitro mikroorganisma patogenik, contohnya Bacteroides fragilis, Escherichia coli, Gardnerella vaginalis, Mobiluncus spp, Neisseria gonorrhoeae, Peptostreptococcus anaerobius, Prevotella bivia dan Staphylococcus aureus. Secara amnya diterima bahawa ini dicapai terutamanya melalui tindakan asid laktik.[6][7][8][9] Selain itu, lactobacilli biasanya membantu mencegah penjajahan jangka panjang pada faraj dengan melekat pada sel epitelium faraj. Ini biasanya mengurangkan patogen daripada menjangkiti epitelium faraj.[10] Di sebelah pengeluaran asid laktik dan persaingan untuk pematuhan, mekanisme antagonis lain termasuk hidrogen peroksida (antimikrob spektrum luas) dan bacteriocins (antimikrobial khusus sasaran).[11][12]